Pemerintah Indonesia menangani konflik wilayah antar daerah di Indonesia dengan berbagai cara, antara lain melalui pembentukan tim
penyelesaian sengketa wilayah, dialog antara pihak yang bersengketa, mediasi, dll. Pemerintah juga mengedepankan prinsip keadilan dan
konsultasi dengan masyarakat setempat dalam menyelesaikan konflik wilayah.
Selain itu, pemerintah juga mendorong pembangunan infrastruktur dan ekonomi di wilayah yang menjadi sumber konflik guna memperkuat integrasi nasional dan meningkatkan kesejahteraan masyarakat.