Berikut adalah beberapa kekurangan dari IKNB di antaranya:
1. Regulasi yang lebih ketat dan kompleks dibandingkan dengan bank.
2. Memiliki risiko operasional yang lebih tinggi karena tidak memiliki jaringan kantor cabang yang sebanyak bank.
3. Lebih rentan terhadap risiko likuiditas karena sumber dana yang lebih terbatas.
4. Keterbatasan akses terhadap dana murah dan stabil seperti simpanan masyarakat.