Penggunaan BI-Clearing memiliki beberapa risiko, antara lain:
1. Resiko operasional: Terkait dengan kegagalan sistem, kesalahan manusia, atau risiko teknologi dalam proses kliring dan penyelesaian pembayaran.
2. Resiko kepatuhan: Terkait dengan pelanggaran peraturan yang diatur oleh Bank Indonesia dalam sistem BI-Clearing.
3. Resiko likuiditas: Terkait dengan ketidakmampuan bank untuk memenuhi kewajiban pembayaran antarbank dalam sistem BI-Clearing.
4. Resiko kredit: Terkait dengan resiko gagal bayar dari bank-bank anggota dalam sistem BI-Clearing.
5. Resiko pasar: Terkait dengan fluktuasi nilai tukar dan suku bunga dalam proses kliring dan penyelesaian pembayaran antarbank.