Beberapa kerugian yang dapat terjadi saat menggunakan internet banking antara lain:
1. Rawan kebocoran data dan informasi pribadi akibat serangan hacker.
2. Tergantung pada kualitas dan kecepatan koneksi internet yang di gunakan
3. Tidak dapat di gunakan pada beberapa jenis transaksi tertentu, seperti pencairan cek.
4. Biaya administrasi dan transaksi yang mungkin saja terkadang cukup tinggi
5. Tergantung pada waktu operasional bank atau lembaga keuangan yang menerbitkan layanan internet banking.